《医疗事故处理条例》与《医疗事故处理办法》相比，对主持医疗事故鉴定的机构进行了重大调整。医疗事故的技术鉴定工作不再由卫生行政部门组织，改由医学会负责。
之所以做出这样的修改，一个重要的指导思想就是正确处理医疗事故，保护医患双方的合法权益，同时也要保护和促进医学科学的健康发展。处理医疗事故应该遵循公开、公正、公平、及时、便民的原则，本着实事求是的科学态度，做到事实清楚、定性准确、责任明确、处理恰当。科学公正的医疗事故鉴定是处理医疗事故的关键，鉴定结论是判定是否医疗事故及事故等级的依据，负责鉴定的专家组织应当是中立的。因此，由相对独立的学术组织医学会主持鉴定，能够保持中立，坚持医疗事故鉴定的公开、公正和公平原则。另外，负责鉴定的医学会建立专家库，并组织相关专业的专家独立地进行医疗事故技术鉴定工作。人民法院在审理医疗纠纷时，认为需要进行医疗事故技术鉴定的，也应按照条例规定，委托医学会进行医疗事故技术鉴定。从《医疗事故处理条例》施行以来的情况看，鉴定为医疗事故的比例有较大的上升，对此，社会各界均认为，较《医疗事故处理条例》施行前的状况，此种变化是值得肯定的。