李时珍二十岁那年，蕲州发生了一场严重的水灾。、滔滔的洪水如猛兽般冲决了江堤，蕲河两岸的千顷良田顿时化作一片汪洋。乡亲们流离失所，到处是一片哭声。洪水刚过，瘟疫开始蔓延，病魔无情地吞噬着无辜的生命。李时珍目睹惨景，心如刀绞，和父兄一道，没目没夜地救护着病人，不知把多少濒临死亡的人从死神手中抢了回来。
这天，李时珍正在诊病。突然一帮人闹闹嚷嚷地拉着一个江湖郎中拥进诊所。为首的年轻人愤愤地叫道：“李大夫，你给评评理!我爹吃了这家伙开的药，病没见好，反倒重了。我去找他算账，他硬说药方没错。我们信得过你，你给看看。”说着把给父亲煎药的药罐递了过来：“喏，这就是药渣。”李时珍抓起药渣，一一仔细闻过，又放在嘴里嚼嚼，自言自语道：“这是虎掌啊!”那江湖郎中一听“虎掌”，慌忙分辩说：“我绝对没开过这味药!”
“那肯定是药铺弄错了!”年轻人说着，就要往门外冲。李时珍忙拉住他，说道：“别去了，这是古医书上的错误。就以《日华本草》的记载来说，就把漏蓝子和虎掌混为一谈了?”“对，我开的就是漏蓝子!”江湖郎中急急地插了一句。“是啊，药有医书为据，打官司也没用。”众人慨叹了一阵，只得把江湖郎中给放了。
不久，又有一位医生为一名精神病人开了一味叫防葵的药，病人服药后很快就死了，因为防葵与狼毒类似，是药房错将狼毒当作防葵了。还有一个身体虚弱的人，吃了医生开的一味叫黄精的补药，也莫名其妙地送了性命。原来，几种古药书上，都把防葵和狼毒、黄精和钩吻说成是同一药物，而狼毒、钩吻毒性都很大，人吃了怎能不送命呢?这一桩桩、一件件因药物误人的事，在李时珍心中激起了巨大的波澜。毫无疑问，古医药书籍蕴涵着丰富的知识和宝贵的经验，但也确实存在着一些错误。若不及早修正，医药界就会以讹传讹，轻者会耽误治病，重者就要害人性命啊!
深夜，月光如水，烛光摇曳。李时珍和父亲在灯下倾心而谈。昕了儿子的一番宏论，李言闻语重心长地说：“你想重修本草的想法不错，可是难啊!这需要大量的人力和财力，恐怕只有朝廷才有这么大的力量。何况，关于本草的书，相当浩繁，你虽然读了一些，可究竟还很不够，远远不能适应修书的要求。还是先在读书上狠下一番工夫吧!”
1551年．明宗室武昌楚王闻知李时珍医术精湛，聘他到王府主管祭祀礼仪和医务。李时珍本不愿与皇亲国戚交往，但考虑到楚王也许会帮忙，使朝廷答应重修本草，于是就打点行装进了王府。不久，便因治愈楚王世子的暴厥和其他不少人的疑难杂症
而名扬朝野．被举荐担任了太医院的医官。这太医院，是明王朝的中央医疗机构，院中拥有大量外界罕见的珍贵医书资料和药物标本。李时珍在这里大开眼界，一头扎进书堆．夜以继日地研读、摘抄和描绘药物图形，努力吸取着前人提供的医学精髓。与此同时，他多次向院方提出编写新本草的建议。然而，他的建议不仅未被采纳，反而遭到无端的讥讽挖苦与打击中伤。李时珍很快便明白，这里绝非自己的用武之地，要想实现毕生为之奋斗的理想，只有走自己的路。一年后，他毅然告病还乡。
在以后的十年中，他全身心地沉浸在浩如烟海的医书宝库之中，熟读了《内经》、《神农本革经》、《伤寒论》、《金匮要略》、《千金方》等古典医籍以及历代名家著述的关于花草树木的书籍．单是笔记就装了满满几柜子，为修订本草积累了许多珍贵资料。
最使李时珍头痛的就是由于药名的混杂，使药物的形状和生长的情况十分的不明确。过去的本草书，虽然作了反复的解释，但是由于有些作者没有深入实际进行调查研究，而是在书本上抄来抄去，在“纸上猜度”，所以越解释越糊涂，并且矛盾辈出，使人莫衷一是。这些难题该怎样解决呢?在他父亲的启示下．李时珍认识到，“读万卷书”固然需要，但“行万里路”更不可少。
就这样，李时珍走出家门，深入山间田野，实地对照，辨认药物。足迹遍及大江南北，行程达两万余里，历时达二十七年。那些种田的、捕鱼的、打柴的、狩猎的、采矿的，无不是他的朋友和老师，为他提供了书本上不曾有过的丰富药物知识。
一次，李时珍路过河南境内的一处驿站，见几个车把式正在把一些粉红色的草花放在锅中煎煮。他凑近去看了看，不过是南方随处可见的旋花，却不知这些车夫煮它何用?便向他们开口讨教，一个车把式答道：“我们这些人长年在外，风里来雨里去．盘骨多半都落下了伤痛。喝点旋花汤，能治盘骨病呢。”李时珍用心把这种药草的形状、药性等记了下来，并把它写进书中。
李时珍一路考察，一路为父老乡亲们治病，深受人们尊敬与爱戴。有位老婆婆，患习惯性便秘达三十年之久，虽多方治疗，终不见效。李时珍运用从民间学来的偏方，以适量的决明子配成药，很快就治好了她的病。还有个妇女鼻腔出血，一昼夜都止不住，怎么治也不见效。李时珍用大蒜切片敷贴患者足心，不大工夫血就不流了。这个方子，也是他从民间采得的。
李时珍深切地感到．在这片广阔的田野上．处处都是知识的天地，天天都有新的收获。就这样，李时珍在外考察了二十七年，获取了大量的一手资料后才回到蕲州，举全家之力，着手撰写。在花费了三十年的努力后。在万历戊寅年(公元l578年)完成了《本草纲目》的编写工作。
《本草纲目》脱稿后，李时珍希望早日出舨，为了解决《本草纲目》的出版问题，七十多岁的李时珍，从武昌跑到当时出版业中心南京，希望通过私商来解决。由于长年的辛苦劳累，李时珍终于病倒在床，病中嘱咐他的孩子们，将来把《本草纲目》献给朝廷，借助朝廷的力量传布于世。可惜李时珍还没有见到《本草纲目》的出版，就与世长辞了。这年(1593年)，他刚满七十六岁。
不久．明朝皇帝朱诩钧为了充实国家书库，下令全国各地向朝廷献书，李时珍的儿子李建元，将《本革纲目》献给朝廷。朝廷批了“书留览、礼部知道”七个字，就把《本草纲目》搁置一边。后来在南京的私人刻书家胡承龙的刻印下，在李时珍死后的第三年(1596年)，《本草纲目》才正式出版了。公元l603年，《本草纲目》又在江西翻刻。从此，在国内得到广泛的传播。据不完全统计，《本草纲目》在国内至今有三十多种刻本。
公元l606年《本草纲目》首先传人日本，l647年波兰人弥格来中国，将《本草纲目》译成拉丁文流传到欧洲，后来又先后泽成日、朝、法、德、英、俄等文字。