点穴疗法是一种较为独特的物理疗法。它通过一定的手法作用于人体的特定部位，以调节机体的生理、病理状况，达到治疗疾病的目的。其基本作用机理如下：
一、调整气机
中医认为，人体脏腑的功能活动，是一个有机的整体，统称为气机。气机的升降出入，运化有序，人体则健康。如因七情所伤，或受四时不正之气侵袭，扰乱了人体气机的正常运行，出现气滞、气郁、气逆、气结等变化，必然生病。点穴疗法能调整气机，使内部气分调顺，该升者升，该降者降，废物得以排出，营养得以受纳吸收，则体健而病除。
二、改变脏腑内能
某一脏腑的功能失调，可导致该脏腑出现病变，而某一脏腑的病变也必然引起该脏腑功能异常。点穴疗法能调整脏腑内能，使其恢复正常，就能起到积极的治疗作用。如腹痛患者经过点穴疗法使有关脏腑功能得到调整，则平滑肌痉挛就能得到缓解，腹痛即可得到解除。
三、调整信息
通过现代生理学研究，人们认识到人体的各个脏器都有特定的生物信息，如各脏腑有其固有的活动频率及生物电，当某一脏腑发生病变时，有关的生物信息即会发生变化，而脏腑的生物信息改变可影响整个系统乃至全身的机能平衡。通过点、按穴位，产生一定的生物信息，通过信息传递系统输入到有关脏腑，对失常的生物信息加以调整，使之恢复正常，从而得到治疗疾病的目的。
四、调理脾胃
脾胃为后天之本，气血生化之源，因此脾之健运，胃之受纳是人体生理功能的基本保证。点穴疗法能够加强胃腑功能，调畅气机，使胃腑顺降，脾脏健升，从而生化有源，气血充足，体健而康复。
五、活血祛瘀
点穴疗法能调畅气机，促进脏腑功能活动，促进血液循环，从而起到活血祛瘀的作用。
此外，点穴疗法还能解痉止痛，舒筋通络，因此对软组织损伤也具有一定的作用。
由于经络、神经、血管等相互联系，刺激体表可以改变血液、淋巴液的运行，调节人体的循环而起到调节内脏的作用。