尽管亚健康与上游的健康状态和下游的疾病状态有部分重叠，但区分也是明显的。
1.亚健康不同于亚临床。亚临床是有主管检查证据而没有明显临床表现，如当前常见的中老年人亚临床颈动脉硬化；颈动脉超声检查发现有较明显的颈动脉内中膜增厚，甚至有斑块形成，而无临床表现；而亚健康状态者具有头痛、头晕和胸闷不适主诉，但血管心脏超声及心电图检查都未发现异常 。
2.亚健康不等于慢性疲劳综合症（CFS）。首先CFS具有国际统一标准，亚健康至今没有；其次CFS在18岁以上成人发生率仅为0.004％；而亚健康为70％，两者间悬殊甚大；再者国内描述的亚健康状态多数通过几级干预恢复健康，CFS则仅有30％可以回复健康状态。
3.界定亚健康还应注意同临床功能性疾病和精神心理障碍性疾病及某些疾病的早期诊断相区分。需要指出的是，目前亚健康还没有建立统一的判断标准，中、西医对亚健康的理解和界定范围存在着很大差异。