大肠的主要生理功能是贮存食物残渣，大量水分的再吸收及排泄作用。灌肠是逆行将液体灌人肠腔，故可扩张肠壁，刺激肠蠕动，促进排便；同时由于溶液与粪便混合而被稀释和软化，易使粪便排出，解除便秘。此外，借助肠黏膜较强的吸收作用，利用药物或营养剂进行保留灌肠，既可以治疗肠道本身的疾病，又可治疗许多全身性疾病。
大肠内有许多细菌，细菌来自口腔，口腔内的细菌又来自空气和食物。由于大肠中的内容物为中性或弱碱性，对一般细菌的繁殖极为适宜，所以细菌得以大量繁殖。据统计病原性和非病原性细菌约50多种，如大肠杆菌、葡萄球菌、八叠球菌、酵母菌或寄生虫等。其中约3／4是大肠杆菌；粪便中的细菌占20％～30％，故排出的粪便中存在大量的活着的细菌或寄生虫卵等。因此，通过灌肠司减少或杀灭肠道某些致病菌或寄生虫；如应用黄连素溶液、大蒜溶液等肠道杀菌剂灌肠，可直接杀灭肠道痢疾杆菌，用于治疗急性或慢性痢疾，已证明是行之有效的疗法。应用中药结肠灌洗法．除清除大量的含菌粪便外，还可稀释毒素，减少毒素的吸收。已确报道，用大黄液结肠灌洗治疗慢性肾衰者，能使血肌酐(Ser)迅速降1氐，总有效率达63．64％。近些年来，许多医院采用中药灌肠治疗尿毒症，显著提高了疗效，有效率达到80％，并降低了死亡率。此外，细菌在肠内与糖类作用可产生大量气体，临床上用驱气灌肠法，能协助气体由结肠排出，减轻腹胀。
归纳起来，灌肠疗法还有以下两大作用：
第一，整体药物效应和全身调节作用。大肠作为六腑之一，与五脏六腑在生理、病理上都是相互联系、相互影响的，而与表里之脏—肺的关系最为密切。一般认为，药物进入直肠后，可通过大肠与肺的经脉络属关系而上输于肺。“肺朝百脉”，又可将药液布散全身以发挥整体治疗作用。现代医学研究证实，直肠黏膜具有很强的吸收能力(每天吸收液体4～6升)。吸收后的药液50％～70％通过直肠中静脉、下静脉及肛管静脉绕过肝脏直接进入大循环，部分药物通过直肠上静脉和直肠淋巴系统进人大循环，到达全身组织器官发挥治疗作用。此外，灌肠通腑可去除毒浊、调整阴阳、补虚扶正，故可使全身疾病随之而解。
第二，灌肠疗法的局部治疗作用尤为显著。对于病变部位在直肠、结肠和腹部病症如痢疾、结肠炎、盆腔炎等，药物灌肠可使局部组织内的药物浓度显著提高，从而发挥疗效。