由于每个人的性格、爱好、情感、处境不同，因此对音乐的喜好、选择也不同。在进行音乐疗法之前，首先要选择符合自己性情的音乐，并注意“平衡性”。就像食物时蔬菜、鱼肉、水果、豆制品等营养成分要合理搭配一样，在选择自己喜欢的乐曲的同时注意保持平衡性，即音乐的“阴与阳”“静与动”“强与弱”等。
职业不同的人，选择的音乐也应不同。在人声鼎沸的股票、证券公司中的从业人员，最好选择没有歌词的轻音乐。在震耳欲聋的工地上或机器喧闹的工厂中工作的人，最好倾听雄壮的古典交响乐曲。在静谧的办公室、店堂里工作的人，最好倾听轻松的流行乐曲。
音乐疗法是通过听音乐而达到治疗疾病的目的。因此它与一般欣赏娱乐性音乐有原则区别。它是根据患者所患疾病的不同，而听不同的音乐，使人体机能得以不同的变化。可治疗情绪不安、精神抑郁症、神经衰弱、失眠、胃肠功能紊乱等。
如何正确运用音乐疗法，这是要以病人的具体情况而定的。不同的心情时所需要的乐曲也应该是不一样的。比如说：忧郁时应该选用莫扎特的《b小调第四十交响曲》、西贝柳斯的《悲痛圆舞曲》；急躁和渴望时选用海顿的《皇家焰火音乐》、罗西尼的
《威廉•退尔》、鲍罗廷的《勒超人的舞蹈》；催眠可选用莫扎特的《催眠曲》、门德尔松的《仲夏夜之梦》、德彪西的钢琴协奏曲《梦》；希望、明朗、轻快时可选用巴赫的《A大调意大利协奏曲》、期特劳斯的《蓝色的多淄河》圆舞曲、比才的《卡门》等等。
当情绪极度恶劣时，应听《蓝色多瑙河》、《江南丝竹乐》，此类乐曲生气蓬勃，使其从忧虑痛苦中解脱出来。
治疗失眠者的音乐处方有：《春江花月夜》、《平沙落雁》、《苏武牧羊》以及贝多芬的奏鸣曲、肖邦和施特劳斯的圆舞曲、柴可夫斯基的《花之圆舞曲》、门德尔松的《第四交响曲》、德彪西的《月光》、海顿的《小夜曲》等。如果运用音乐疗法治疗失眠，一般选择晚上睡前2～3小时进行，也可以每天听2～3次乐曲，每次的治疗时间为30～60分钟，不宜过长，音乐疗法治疗失眠一般以一个月为一个疗程。听的时候不宜只选用一支曲目，以免产生反感。另外，音量不要过大，以舒适为度，应掌握在70分贝以下。我们在听音乐时尽量全身投入，从音乐中寻求感受，还可以随着乐曲自我哼唱。听完音乐后进行散步活动，和朋友、家人交谈一些趣事，避免谈及工作、学习及生活中烦恼的问题。
另外，对于心情抑郁的人，可以建议他们多听些这样的乐曲，如《光明行》、《喜洋洋》、《雨打芭蕉》、《春天来了》、《步步高》、《喜相逢》，以及莫扎特的《第40交响曲(b小调)》、格什文的《蓝色狂想曲》、李斯特的《匈牙利狂想曲》、门德尔松的第三交响曲等。焦虑者可以尝试听下面的乐曲，如《塞上曲》、韩德尔的组曲《焰火音乐》、圣桑的《天鹅》等。疲劳过度者可以通过欣赏《假目的海滩》、《矫健的步伐》、《锦上添花》等乐曲来调节自己的心态。
我们在日常生活中可以这样运用音乐来调节自己的身心：找出最能帮助你转换情绪的音乐，将它录下来。遇到烦恼不平时就可以播放，让音乐带着你的情绪渐入佳境。根据自己的个人喜好，设计一套属于自己的放松录音带。有人喜欢听古典音乐，有人则喜欢萨克斯之类的轻乐曲。学习弹奏乐器或唱歌，这些行为也都是很好的情绪调节方法。
以下的这些音乐能按摩你每一根紧绷的神经，并能消除你的疲劳：
《一个梦》、《夏日圣地》、《抚摸》、《蓝色的爱》、《小夜曲》、《圣母玛丽亚》、《天鹅》、《圆舞曲》、《献给爱丽丝》、《小步舞曲》、《圣母的珠宝石》等。