检测诊断亚健康的方法不下几百种，众说纷纭，各有特色。但有一点必须指出的是，对于人体这样一个复杂的系统及其亚健康状态，不可能用一项单一的化验或一个简单的公式和问卷就能做出全面精确的答复，这充其量只能说是一个侧面的反映。为此，现将常用的几类诊断方法介绍如下：
(1)全息分析法
全息思想认为，人体每一个局部皆可是全身的缩影。因为人体的所有组织、细胞均起源于同一受精卵，都有着相同的染色体数、相似的基因组及类似的遗传密码，每一个局部都是反映整体的一张全息照片。祖国医学以看舌象、扎耳针等方法诊治疾病，就是最早用全息方法诊察疾病的典范。祖国医学认为耳是人体脏腑病理变化的重要信息窗口，有肾开窍于耳，心气通耳的论述，并认为耳廓可反映全身各系统和器官，如肝、脾、心、肾、胃肠、四肢、关节及肿瘤等生理、病理信息。近年来又应用耳穴探测仪，测定敏感点，以寻找出相应器官潜匿的疾病信息及亚健康态。
近年来，国内外广泛应用MDI多功能高倍放大、高分辨、多相显微诊断仪，用放大2万倍高分辨率的显微镜观察人体一滴血、一根头发、一滴尿液、一滴脑脊液中各种成分含量、分布、细胞形态及亚细胞结构的变化和活动情况，并根据检测情况进行综合评分，满分为100分，85分以上为健康状态，70分以下为病症状态，70～85分为亚健康状态。该检测技术是以人体全息胚理论和细胞形态、结构和功能相一致的理论为基础进行综合分析、定量，为诊断亚健康提供了科学的依据。应该指出，该方法虽然应用了较先进的显微诊断技术并进行了相应的定量，但仍属一种模糊分析，而且也不能代替心理及社会适应的评估。
(2)微循环检测
微循环担负着机体营养、代谢、物质交换、氧气的运转，以及通过多种因子调控各种器官的功能。微循环直接参与组织及细胞的物质、信息、能量的传递，以维持血液、淋巴液、组织液中各有形成分与血浆之间复杂的生理、生化及血液流动化学的动态平衡。
通过观测微循环内细胞活动形态、红细胞聚集状况、血管周围有无渗血、出血及微循环管的形状变化等，可以得到许多病理信息，从而发现心脑血管疾病及代谢紊乱等多种疾病的先兆，是诊断亚健康比较直观、灵敏的方法之一。
(3)“纳米”技术检测
“纳米”是极小的长度单位，1“纳米”等于千分之一微米。通过纳米技术可以操作原子、分子或原子团，使其重新排列组合，产生新的物质。亦可制造出纳米级的机器人，使其进入血液、组织及细胞内，探测疾病的早期信息。基因芯片就是纳米技术和基因生物学结合的典型。光学相干层析术(OCT)分辨为1个微米级，较CT、MRI精密度高出几千倍，有“分子雷达”之称，疾病病理变化在分子状态下，即可被OCT侦察发现，实现超早期诊断，而不必等到疾病晚期才被CT或MRI检查发现。
(4)免疫信息检测
细胞免疫、体液免疫、免疫复合物、免疫组化、放射免疫及免疫电镜等检测，可测得血液、组织和生物体内数百种与免疫有关的极其微量的物质(如抗原、抗体、补体、干扰素、糖蛋白、免疫复合物及各种免疫活性因子)，为诊断亚健康提供科学证据。如用免疫标记技术可以检测甲状腺、肾上腺、胃壁细胞、胰岛细胞、心脏、卵巢等器官及组织抗体；用免疫电镜对免疫缺陷进行筛选；通过补体c1—9检测，对肾炎、血清病、肿瘤、肝硬化及某些先天性补体缺乏症进行识别；通过对T细胞、B细胞、NK细胞的活性分析，可以协助判断人体免疫亚健康态和衰老进程。中老年人随着年龄增长，胸腺明显退化，T细胞、B细胞、巨噬细胞逐渐减少，活性降低，致使机体三大免疫功能(识别和消灭病原微生物的功能、自身稳定功能和监视功能)逐渐下降，从而易患感染、肿瘤、免疫失调和自身免疫性疾病。因此，注意检测免疫功能，及时发现免疫系统亚健康态，逆转亚健康，对保护健康具有重要意义。
体检指南
世界卫生组织调查显示，亚健康人占全部人口的70％。这说明目前绝大多数人处于非健康状态。更值得注意的是，亚健康人群呈年轻化趋势。在亚健康检查中，常发现20岁出头的人就患有骨质疏松症，30多岁的年轻人就有脂肪肝，40多岁的人患慢性前列腺炎。