皮肤针施术部位不局限于腧穴，也不是单纯地“以痛为输”，而是以祖国医学的整体观点为理论依据的。<素问•皮部论》：“凡十二经络脉者，皮之部也。是故百部之始生也，必先于皮毛。”十二经皮部同十二经脉、十二脏腑有其密切联系，叩击皮部可以疏通经络脏腑之气，从而起到调整机能的作用。经络学说以脊柱中行为督脉，督为阳脉之纲：两侧为足太阳膀胱经，五脏六腑的俞穴都在于背部，表明这些部位在治疗疾病上的重要性。皮肤针常以脊背为施术的主要部位，就是基于这一原理。